دبیرستان انرژی اتمی ایران پس از دو دهه فعالیت خود، با تغییر نظام آموزشی در ایران، در سال تحصیلی ۹۴-۱۳۹۳ مدرسه راهنمایی یا دوره متوسطه اول پسرانه را در ساختمانی به مساحت ۱۰۰۰ متر مربع تأسیس کرد. این مدرسه دارای ۱۸۰ دانش‌آموز در پایه هفتم، هشتم و نهم است و در هر پایه تحصیلی ۶۰ دانش‌آموز در ۳ کلاس ۲۰ نفره مشغول به تحصیل هستند.
ساعت شروع به کار ۰۷:۳۰ و ساعت پایان آن ۱۴:۴۵ است. دانش‌آموزان به طور روزانه در ۶ زنگ ۵۰ دقیقه‌ای آموزش می‌بینند و مدرسه دو زنگ تفریح ۳۰ و ۴۵ دقیقه‌ای برای صبحانه، ناهار و نماز و سه زنگ ۱۵ دقیقه‌ای برای استراحت در بین کلاس‌های درسی دارد.
مدرسه دارای امکاناتی مانند آزمایشگاه درس علوم، سایت کامپیوتر، کارگاه کار و فناوری، نمازخانه، کتابخانه، سالن غذاخوری، بوفه مواد غذایی، گرمکن غذا و کمد دانش‌آموزی است.
از روز شنبه تا چهارشنبه ۳۰ زنگ آموزشی برقرار است و دانش‌آموزان طی این روزها علاوه بر آموزش درس‌های ملی، در درس‌هایی مانند استدلال، کامپیوتر، المپیادهای ریاضی، فیزیک، شیمی، زیست‌شناسی و ادبیات آموزش می‌بینند. ضمناً در روزهای پنجشنبه سه زنگ کلاس درسی برای دانش‌آموزان پایه نهم شامل حساب، هندسه و آزمون برگزار می‌شود.
برای فراگیری زبان خارجی، دانش‌آموزان علاوه بر آموزش زبان انگلیسی که جزء برنامه دروس ملی است، این اختیار را دارند که در کلاس زبان آلمانی شرکت کنند. همچنین کلاس‌های ورزشی دو زنگ در هفته در پایه هفتم، هشتم و نهم به ترتیب به یکی از رشته‌های بسکتبال، هندبال و والیبال اختصاص دارد.
علاوه بر کلاس‌های اصلی که در ساعت رسمی مدرسه برگزار می‌شود، دانش‌آموزان می‌توانند به صورت داوطلبانه در گروه‌های بیش از ۱۰ نفر، تقاضای برگزاری کلاس‌های بیشتر را با عنوان انجمن در موضوعات مختلف علمی و فرهنگی ارائه کنند.
مشق دانش‌آموزان به طور روزانه حدود ۲ ساعت یا کمتر به صرف وقت در منزل نیاز دارد و دانش‌آموزان باید آن را روی برگه‌های مخصوصی که توسط مدرسه در اختیار آنان قرار می‌گیرد بنویسند و هر روز صبح پیش از آغاز فعالیت مدرسه آن را در صندوق مربوط به هر معلم بیاندازند.
برای آموزش دانش‌آموزان علاوه بر کتاب‌های درسی که توسط خود دانش‌آموزان تهیه می‌شود، بنا به سفارش معلمان، کتاب‌هایی به عنوان کتاب‌های تکمیلی توسط مدرسه از بازار کتاب‌های کمک آموزشی تهیه می‌شود و در اختیار دانش‌آموزان قرار می‌گیرد.
آزمون‌های مدرسه شامل آزمون‌های پایان ترم و میان ترم است. آزمون‌های پایان ترم هم‌زمان با مدارس کل کشور در دی‌ماه و خردادماه و آزمون‌های میان ترم معمولاً در آبان‌ماه و فروردین‌ماه برگزار می‌شود. سؤالات آزمون‌های میان ترم مطابق سطح آموزشی مدرسه و دشوارتر است.
شورای معلمان مدرسه هر هفته برگزار می‌شود و محلی برای گفتگو و تبادل نظر درباره مسائل مختلف در باب مدرسه و آموزش و پرورش است. کارکنان مدرسه عبارتند از مدیر، معاون اجرایی، معاون آموزشی، معاون فرهنگی، معاون هنری و نماینده معلمان که به طور تمام وقت در استخدام مدرسه هستند. مدیر و تمام معاونان مدرسه از دبیران مدرسه هستند و ساعت‌هایی را در کلاس‌های درس حضور دارند.
دانش‌آموزان در هر سال تحصیلی گروه‌هایی را تشکیل می‌دهند تا در مسابقات گروهی با نام جام انرژی اتمی شرکت کنند. این مسابقات در موضوعات علمی، ورزشی، هنری و خلاقیت برگزار می‌شود.
در ماه‌های تابستان، مدرسه برای دانش‌آموزان شش هفته کلاس درسی دارد که طی سه روز در هفته برگزار می‌شود. در این دوره تابستانی کلاس‌های آموزشی مانند المپیادهای علمی، کارگاه مهارتی، کامپیوتر، ریاضی، علوم، ادبیات و ورزش برگزار می‌شود.
مدرسه انرژی اتمی یک مدرسه غیردولتی است و هزینه‌های اداره آن به وسیله شهریه دریافتی از اولیای دانش‌آموزان تأمین می‌شود. مبلغ و نحوه دریافت این شهریه تحت نظارت اداره آموزش و پرورش و انجمن اولیا و مربیان مدرسه است.
مالک ساختمان دبیرستان، سازمان انرژی اتمی ایران است و مدرسه بابت آن اجاره بها می‌پردازد.